Poplatky za zápis do českého námořního rejstříku, a tedy za právo plout pod českou vlajkou jsou dvojího druhu. Paušální částka za zápis do rejstříku je nyní 15.000 korun, každý rok majitelé lodí navíc platí v průměru další 4000 korun. Místo ročního poplatku chce MD zavést platby za více let najednou - maximálně pět - přičemž při přepočtu na roky by byl poplatek nižší než dnes.
Snahou ministerstva je údajně přilákat zpět především české majitele jachet, kteří svou loď zapsali díky lepším podmínkám do slovenského či jiného zahraničního rejstříku. Podle odhadů je takových lodí nejméně 200. I přes snížení poplatků, o kterém na základě zákona rozhoduje vláda, by se tak měly příjmy státního rozpočtu zvýšit.
Kromě poplatků za právo plout pod českou vlajkou by novela měla upravit i uznávání průkazů námořníků vydaných v ostatních zemích EU. Jde o povinné doplnění českého práva evropskou normou, zatím bez valného praktického významu. Pod českou vlajkou plují totiž pouze jachty, a nikoli obchodní lodě.
Ministerstvo dopravy chce také vymýtit výdejce nepravých námořnických průkazů a navrhuje, aby jejich činnost byla nově klasifikována jako správní delikt. "Řidičské průkazy" na mořské jachty může vydávat pouze Námořní úřad ČR; často to ale dělají i soukromé firmy.