Úředníci z EK označili pět slabin získávání dotací v Česku. Výtky mají hlavně vůči základnímu nastavení a nezávislosti auditního systému, způsobu kontroly vykonávané řídícími orgány, požadují zpřísnění personální politiky.
Vláda už oznámila nápravná opatření. Hlavní změnou bude převedení auditu pod ministerstvo financí. Výhrady EK k absenci zákona o státní službě chce ministerstvo pro místní rozvoj řešit metodickými postupy pro výběr zaměstnanců ve strukturálních fondech. Čeští úředníci chystají také další nápravné kroky, které mají do letošního června situaci kolem dotací zlepšit.
Dotace úřady vyplácí nejdříve ze státního rozpočtu a Brusel poté proplácí tyto peníze zpětně. Když ale evropští úředníci zjistí nějaký problém, můžou zpětné proplacení dotace zastavit. Například ministerstvu školství Evropská komise pozastavila před časem vyplacení 1,2 miliardy korun.