Vláda Petra Nečase v roce 2012 v rámci úsporných opatření nejprve schválila úplné zrušení takzvané zelené nafty. Zemědělci následně na protest na řadě míst země zpomalovali protestními jízdami strojů dopravu na silnicích. Nečasův kabinet následně své rozhodnutí zmírnil, ukončení daňového zvýhodnění o rok odsunul a pro letošní rok pouze snížil vratku z původních 60 na 40 procent.
Podle MZe je úplné zrušení zelené nafty pro zemědělskou výrobu neúnosné. Požaduje proto zachování vracení daně na současné úrovni, kdy zemědělci mohou dostat zpět 40 procent daně u klasické motorové nafty a 57 procent u směsné nafty s bio příměsí. "Hlavním argumentem pro další uplatnění uvedené podpory v České republice je srovnání konkurenčních podmínek českých zemědělců se zemědělci v členských státech EU uplatňujících toto daňové zvýhodnění," argumentuje MZe v předkládací zprávě. Většina členských států EU prý zvýhodnění stále uplatňuje.
V meziresortním připomínkovém řízení však vznesla zásadní připomínky k návrhu ministerstva financí, dopravy a průmyslu a obchodu. "Nevypořádány zůstaly připomínky týkající se dopadů na státní rozpočet a materiál je k projednání vlády předáván s rozporem," uvedlo Mze.