Projekt schválila vláda v roce 2008, v ostrém provozu mělo být jednotné inkasní místo spuštěno od začátku roku 2014. Vláda ale pak termín spuštění ještě o rok posunula a poté termín dokončení zrušila, o novém nerozhodla a projekt neukončila.
Jednotné inkasní místo mělo zjednodušit a zefektivnit, tedy zlevnit výběr daní, cel a sociálního a zdravotního pojistného. Jejich plátce je měl nově odvádět na jediné místo prostřednictvím jediného formuláře a fakticky tak komunikovat s jedinou institucí.
Podle kontrolorů vyčerpaly GFŘ, MF a GŘC mezi lety 2009 až 2015 na projekt téměř 3,5 miliardy korun. Úřad prověřil využití 2,6 miliardy korun a zjistil, že peníze putovaly na výdaje, které s projektem nesouvisely. \"Vedení projektu navíc tyto výdaje ani neschválilo,\" uvedl NKÚ. Podle něj přes 80 procent prostředků vyčerpalo finanční ředitelství, které z nich hradilo například běžné výdaje na pořízení, obnovu a údržbu IT zařízení, platy a mimořádné odměny svých zaměstnanců, nákupy a rekonstrukce budov, v nichž finanční orgány sídlí, nebo třeba nákup nových služebních osobních aut. Ředitelství cel zase za peníze určené na JIM nakoupilo například uniformy a opravilo velkokapacitní rentgen.
Přitom informační systém JIM, který měl propojit informační systémy jednotlivých správců daní a pojistného a zajistit tak jejich jednotný výběr, vůbec nezačal vznikat. \"Vedení projektu dokonce ani nepověřilo MF či GFŘ, aby na něj vypsalo zakázku, a neexistuje ani kompletní návrh architektury tohoto informačního systému,\" upozornil NKÚ.
Řízení projektu měly na starosti rada a řídicí výbor projektu. Rada byla složena z ministrů financí, práce a sociálních věcí a zdravotnictví. Výbor tvořili zástupci jednotlivých resortů. Podle NKÚ ale v době kontroly nebylo vůbec jasné, kdo ve výboru zasedal, protože na seznamu jeho členů, který MF kontrolorům předložilo, byla jména lidí, kteří už v resortech nepracují. Za sedm let se rada sešla jen třikrát, výbor pak jen patnáctkrát. \"To se přirozeně negativně podepsalo na průběhu projektu,\" poznamenali kontroloři.
Podle kontrolního úřadu byl projekt od začátku velmi ambiciózní, integraci výběru příjmů státu takového rozsahu nemá žádná ze zemí EU. Českou vládu upozorňovala na rizika spojená s budováním JIM v takovém rozsahu Světová banka už v roce 2008 a o rok později doporučila zřídit speciální úřad jen pro projekt JIM, aby bylo jasné, kdo nese odpovědnost za výsledky projektu. Vláda ani MF se ale tímto doporučením neřídily.