Podle kontrolorů vyčerpaly Generální finanční ředitelství, ministerstvo financí a Generální ředitelství cel mezi roky 2009 až 2015 na projekt téměř 3,5 miliardy korun. Úřad prověřil využití 2,6 miliardy korun a zjistil, že peníze putovaly na výdaje, které s projektem nesouvisely. V čele ministerstva financí stál do května 2009 Miroslav Kalousek za lidovce, poté úřad převzal nestraník Eduard Janota. Po volbách v červenci 2010 se do čela vrátil Kalousek tentokrát za TOP 09. Předchůdcem Babiše byl od července 2013 nestraník Jan Fischer.
Současná vláda podle Žurovce zrušila realizaci JIM usnesením 2. července 2014. \"Veškeré výdaje, které byly od této doby na projekt JIM a související technickoorganizační opatření ze strany Finanční správy vynaloženy, vyplývaly z dříve uzavřených smluv,\" uvedl. Ministerstvo financí již v letech 2014 a 2015 neinvestovalo do nákladů souvisejících s projektem JIM ani jedinou korunu, dodal.
Ministerstvo souhlasí s NKÚ, že projekt JIM byl příliš ambiciózní a především od roku 2008 až do zrušení nedostatečně řízen. Souhlasí i s výtkou týkající se absence nového IT systému, který měl být součástí projektu JIM. Na druhou stranu ale uvedlo, že 3,5 miliardy korun bylo, až na dílčí pochybení zjištěná NKÚ, čerpáno na technickoorganizační opatření, která s projektem souvisela. Například převedení cca 500 pracovníků zdravotních pojišťoven a ČSSZ do Finanční správy a další výdaje související se zajištěním, proškolením a vybavením personálních kapacit, poznamenal mluvčí.
\"Přesto, že se nejednalo o vyloženě neúčelné vynakládání prostředků, považuji takovou praxi za nepřijatelnou a netransparentní, neboť souvislost těchto nákladů s projektem, na který byly rozpočtovány, byla nedostatečná a zpochybnitelná,\" uvedl Babiš.
MF považuje zjednodušení a zefektivnění výběru daní, cel a sociálního a zdravotního pojištění za jeden ze svých hlavních cílů. V červnu představilo projekt Moderní a Jednoduché daně, tzv. MOJE daně. Projekt obsahuje nový IT systém Finanční správy, nový zákon o daních z příjmů, samovyměření a daňový kiosek.