Kontrola jako nejvýznamnější pochybení odhalila to, že ministerstvo nevykázalo dlouhodobé podmíněné závazky z uzavřených smluv za celkem 4,8 miliardy korun. \"Tyto nesprávnosti totiž ovlivňují informace o nárocích na budoucí rozpočty. Podle kontrolorů nevedlo ministerstvo vnitra správné a úplné účetnictví. Pokud ministerstvo chyby neopraví, nesprávnosti ovlivní účetní výkazy za Českou republiku za rok 2015,\" uvedla Málková.
Ve vykazování drobného dlouhodobého majetku našel NKÚ systémové nedostatky. Systémové chyby v účetnictví objevil také u vykazování nároku na vrácení spotřební daně z lehkých topných olejů. \"Ministerstvo totiž o nároku na vrácení spotřební daně účtovalo ještě předtím, než tento nárok podle zákona vznikl,\" upřesnila mluvčí. U vracení spotřební daně ministerstvo také nesprávně jako závazek vykázalo výsledek účtování mezi organizačními součástmi resortu.
Ministerstvo nesprávně účtovalo také například o znovuzařazení dlouhodobého majetku, o dotaci na pořízení dlouhodobého majetku, kterou poskytlo příspěvkové organizaci, nebo o závazcích z nemocenských dávek. \"Některé pohledávky ministerstvo vykázalo na nesprávných účtech a teprve v roce 2014 účtovalo o pohledávkách, které vznikly v předchozích účetních obdobích,\" doplnila Málková.
Podle kontrolorů porušilo ministerstvo také rozpočtová pravidla. V roce 2014 totiž na příjmový účet státního rozpočtu nepřevedlo v zákonné lhůtě 401.000 korun z vrácené spotřební daně. NKÚ proto k finančnímu úřadu podal oznámení o porušení rozpočtové kázně.