Doposud náhrady za výluky stanovuje takzvané prohlášení o dráze, které vydává přímo SŽDC. Výše těchto náhrad ale například podle Českých drah nepokrývá všechny náklady, které má dopravce s výlukami. Správce kolejí totiž platí paušální částku za nahrazený spoj, nehradí ale další náklady, například přesčasy zaměstnanců, uvedl mluvčí dopravce Radek Joklík.
Kromě přínosu ve spravedlivějším nahrazování škod způsobených dopravcům množstvím výluk, bude mít podle ministerstva dopravy nařízení kladný vliv i na racionálnější plánování výluk. Doposud totiž správce infrastruktury nemá podle úřadu přímou motivaci, aby práce prováděl ve vhodnějším období, nebo tlačil na zkracování doby, kdy je provoz na opravované trati omezený, nebo zastavený.
Největší množství oprav se na železniční síti sešlo vloni v souvislosti s potřebou dočerpat peníze z uplynulého dotačního období evropského Operačního programu doprava I. Výluky na železnici navíc působí mnohem větší obtíže než silniční uzavírky, neboť po silnici je snazší uzavřený úsek objet. Zatímco hustota silniční sítě činí asi 705 kilometrů silnic na tisíc čtverečních kilometrů, v případě železnice jde jen o 12,2 kilometrů na tisíc čtverečních kilometrů.