Firmy musí podávat kontrolní hlášení každý měsíc. Pro fyzické osoby, které jsou plátci DPH, je lhůta pro kontrolní hlášení závislá na lhůtě přiznání u DPH. Fyzické osoby mohou přiznání podávat měsíčně nebo čtvrtletně. Celkově se kontrolní hlášení týká zhruba 500.000 poplatníků.
Po zavedení kontrolních hlášení finanční správa podle Janečka zaznamenala okamžitý preventivní účinek na poklesu fiktivních faktur. \"Kontrolní hlášení opravdu významně pomáhá vybírat daně,\" uvedl Janeček.
Finanční úřady musely dosud podle statistik ministerstva k 9. září zaslat výzvu k podání hlášení v necelých 13.000 případech. Z toho 4900 poplatníků nereagovalo. Výzev k odstranění nesrovnalostí poslaly finanční úřady téměř 59.000, bez reakce zůstalo 2600 výzev. \"Jelikož plátců DPH je kolem půl milionu, tak naprostá většina plátců výzvami nebyla oslovována,\" uvedl Janeček.
V souvislosti s kontrolním hlášením přitom hrozí poplatníkům řada pokut. Nejnižší pokuta, 1000 korun, za pozdní podání hlášení bez výzvy úřadu je plátci jedenkrát ročně prominuta automaticky bez nutnosti podávat žádost na finanční úřad. Dále správa může dát pokutu 10.000 korun, pokud poplatník hlášení podá v náhradní lhůtě poté, co jej finanční úřad vyzval. Pokuta 30.000 korun hrozí plátcům, kteří nevyhověli výzvě úřadu na změnu, doplnění nebo potvrzení údajů v hlášení. Postih 50.000 korun hrozí firmě, která by kontrolní hlášení nepodala ani v náhradní lhůtě. Pokuty ve výši 10.000, 30.000 a 50.000 korun může finanční správa na základě letní novely zákona o DPH promíjet.
Existuje i pokuta 500.000 korun v případech, kdy plátce závažně ztěžuje nebo maří správu daní.
Celostátní inkaso DPH bylo ke konci září 246,6 miliardy korun, meziročně o 13,6 miliardy více. Samotný státní rozpočet na DPH získal ke konci září 173,6 miliardy korun, tedy o 6,8 miliardy více. DPH patří ke sdíleným daním, kdy část z jejího výnosu získávají také obce a kraje.