VLRZ mají ve své správě rekreační a lázeňská zařízení, jako jsou například vojenské zotavovny, vojenské lázeňské léčebny, Vojenský rehabilitační ústav či Domov pro válečné veterány Karlovy Vary. V uplynulých čtyřech letech ale vojáci a zaměstnanci ministerstva využívali jen 36 procent jejich kapacity, zatímco pro komerční činnost bylo využíváno 46 procent. Zbytek zůstal neobsazený.
\"Ministerstvo navíc využívání kapacit pro hlavní a jinou činnost nesledovalo ani nevyhodnocovalo odděleně. Nemělo tak přehled, jestli lázně a rekreační zařízení slouží svému účelu, tedy k rekreaci vojáků a zaměstnanců ministerstva,\" uvedl NKÚ.
Podle kontrolorů organizace v roce 2012 nesprávně účtovala výnosy a chybně tvořila rezervy: \"Nedostatky v účetnictví ovlivnily hospodářský výsledek hlavní činnosti, který tak nebyl spolehlivý. I přesto jej ministerstvo schválilo a na základě výsledků schváleného hospodaření dostávali zaměstnanci VLRZ odměny,\" uvedli.
Organizace podle NKÚ použila téměř 60 milionů korun určených na mzdové a další osobní náklady z hlavní činnosti na mzdové náklady z jiné činnosti. Podle NKÚ se tak VLRZ dopustila porušení rozpočtové kázně.
Kontroloři objevili chyby i v tendru na rekonstrukci chodby a pokojů v hotelu Vranov. Organizace ji podle nich rozdělila do čtyř etap a každou zadala zvlášť jako zakázku malého rozsahu pokaždé stejné firmě. Celkem ale stála rekonstrukce téměř 23 milionů korun bez DPH, čímž překročila zákonem daný limit pro zakázky malého rozsahu.