Rozšíření zelené nafty má podpořit zemědělce věnující se chovu. Podle novely má být vratka odstupňována podle intenzity chovu dobytka, takzvané dobytčí jednotky na hektar. Zemědělci v rostlinné výrobě by podle jejich návrhu nejprve dostávali zpět 40 procent daně a v živočišné výrobě 90 procent daně. Tento princip by měl fungovat do konce června 2017, od 1. července 2017 se pak vratka bude odvíjet od intenzity chovu zvířat.
Nejméně by měly dostávat firmy bez živočišné výroby. Čím vyšší poměr živočišné výroby bude, tím vyšší bude vratka daně. Důvodem úpravy je podle předkladatelů to, že vyšší produkce živočišných hnojiv získaných z krav a dalších hospodářských zvířat pomáhá úrodnosti půdy.
Od 1. ledna 2019 se vratky daně mají podle návrhu sjednotit pro všechny činnosti v zemědělské výrobě na 4,38 koruny za litr. O vratku by mohli zemědělci žádat až šest měsíců zpětně.
Změna podle kritiků z řad pravice zvýhodní určitou část podnikatelů, lepší by bylo snížení daně pro všechny. Systému zelené nafty jeho oponenti vytýkají administrativní náročnost a možnost daňových úniků. Novela se nelíbí ani ministerstvu financí.