\"U každého pátého projektu také selhala kontrola ze strany MPO,\" uvedl NKÚ. Zjistil, že některé dílčí cíle programu i jeho globální cíl byly nastaveny příliš obecně. \"Nelze tak vyhodnotit, jaký měl celý program přínos pro českou ekonomiku, ani to, jestli byl efektivní,\" napsal kontrolní úřad.
Cíle naplnily dvě ze šesti stanovených priorit programu, u tří byly splněny částečně a u jedné zůstal cíl nesplněn. Priority, u kterých byly cíle splněny, tvořily přes 40 procent peněz pro operační program.
Výsledky projektů, jako například počet nově vytvořených pracovních míst nebo zvýšení tržby, sloužily jen jako takzvané monitorovací ukazatele. Nebyly pro příjemce dotací závazné a měly sloužit jen pro vyhodnocení operačního programu. MPO u monitorovacích ukazatelů spoléhalo jen na informace od příjemců, kteří je ale podle zjištění NKÚ vykazovali v řadě případů nesprávně. \"U jednoho příjemce tak podle údajů MPO vzniklo 51 pracovních míst, i když ve skutečnosti jich bylo jen 18. Údaje o počtu pracovních míst přitom MPO využívá při prezentaci výsledků celého programu,\" uvedl kontrolní úřad.