Zemědělci v rostlinné výrobě budou nejprve dostávat zpět 40 procent daně a v živočišné výrobě 90 procent daně. Tento princip bude fungovat do konce června 2017. Od 1. července 2017 se pak vratka bude odvíjet od intenzity chovu zvířat. Nejméně by měly dostávat firmy bez živočišné výroby. Čím vyšší poměr živočišné výroby bude, tím vyšší bude i vratka daně.
Od 1. ledna 2019 se pak vratky daně mají podle tohoto návrhu sjednotit pro všechny činnosti v zemědělské výrobě na 4,38 Kč za litr. O vratku budou moci zemědělci žádat až šest měsíců zpětně. Zelená nafta se bude týkat i rybníkářů a firem hospodařících v lesích.
Pravicové strany během projednávání vytýkaly návrhu, že tento systém bude obtížně kontrolovatelný a spravovatelný. Podle předsedy TOP 09 a bývalého ministra financí Miroslav Kalouska otevírá zelená nafta dveře daňovým únikům.