Stavba výrazně zasáhne do dopravy ve městě. O půlnoci na pondělí 23. ledna se na více než 1,5 roku zcela uzavře Mikulášská ulice proti nádraží. V obou směrem neprojedou automobily, autobusy a trolejbusy, tramvaje jen po jedné koleji. Neprojdou tam ani chodci, kteří budou muset využívat podchody z obou stran nádraží. Rozsáhlá výluka potrvá do září 2018. \"Železniční uzel je v centru města s hustou občanskou i průmyslovou zástavbou, s komplikovanou dopravní sítí a mezi dvěma řekami. Díky celkové přestavbě mostů přes Mikulášskou ulici, která bude i s tramvajovou tratí zahloubena, dojde ke zlepšení také v MHD a individuální dopravě,\" uvedl generální ředitel SŽDC Pavel Surý.
Podle Veselského je cílem stavby maximálně zvýšit průjezdnou rychlost uzlem Plzeň až na 80 km/h. Projekt zjednoduší přístup a zajistí komfort cestujících. Všechna nástupiště i přístupy na ně budou mít výtahy pro osoby s omezenou schopností pohybu a orientace.
Stavba přinese dokončení 3. nástupiště a kompletní modernizaci 5. a 6. nástupiště. Stavebníci přestaví kolejové rozvětvení na Cheb a navazující části kolejí. V prostoru dnešního seřaďovacího nádraží budou odstavné koleje, které umožní čištění a plnění souprav.
Modernizace uzlu Plzeň, která je součástí III. národního tranzitního koridoru Praha - Plzeň - Cheb, bude pokračovat zhruba do roku 2022. Všech pět staveb včetně dvou připravovaných přijde podle Nejezchleba na 6,5 až sedm miliard korun, hlavně z peněz EU. Dosud byla zmodernizována železniční trať mezi hlavním nádražím a stanicí Plzeň-Jižní předměstí a poté prošla modernizací východní část hlavního nádraží, především 1., 2., 4. a částečně i 3. nástupiště.