Plán počítá s posunutím soutěže na trati z Liberce do Pardubic o dva roky. Nový dopravce by zde mohl vyjet na přelomu let 2020 a 2021. Byly rovněž vyměněny některé tratě za jiné. Vypadla z něj i část týkající se založení takzvané státní půjčovny vlaků, kterou kritizovalo vedení Českých drah, odbory i část politiků za ČSSD a ANO.
Trasy z Prahy do Ústí nad Labem a Chebu a z Prahy do Děčína byly nahrazeny za jiná elektrifikovaná spojení. Trasy do Ústí nad Labem po levém břehu Labe z plánů liberalizace vypadly proto, že do budoucna mají České dráhy na základě smlouvy s německou stranou zajišťovat na stejné trase mezinárodní expresy do Berlína, uvedlo ministerstvo dopravy. Navrhlo vypsat soutěže na trasy z Prahy do Hradce Králové, z Kolína po pravém břehu Labe přes Mělník do Ústí nad Labem a z Prahy do Brna přes Havlíčkův Brod.
Další připravovanou změnou je návrh na rozdělení trasy z Prahy přes Plzeň na rychlíkovou a mezistátní expresní dopravu. Mezistátní vlaky do Mnichova by až do Plzně nezastavovaly. Naopak pomalejší rychlíky Praha - Klatovy budou zastavovat i v menších stanicích, například v Berouně, Hořovicích nebo v Kařezu.
Podobný koncept rozdělení linky ministerstvo dopravy od loňského prosince prosadilo na trati do Českých Budějovic a dále do Lince. Provoz expresních vlaků do Mnichova, který mají podle ministerstva provozovat České dráhy, vyjde na 178 milionů korun ročně.