Důvodem propadu hospodaření do ztráty v roce 2015 byly podle managementu náklady spojené se zařizováním náhradní dopravy při masivních výlukách a prohraná arbitráž s dodavatelem vozidel Škodou Transportation. Oba faktory zatížily hospodaření drah částkou převyšující 1,2 miliardy korun, z čehož platba Škodě představovala 700 milionů Kč.
Do loňského výsledku se náklady za prohranou arbitráž nepromítnou a proti roku 2015 ubylo i výluk. Dopravce navíc prodal státní Správě železniční dopravní cesty na 1500 nádražních budov za 3,3 miliardy korun. V účetnictví se ale projeví jen část této sumy.