Stát by měl podle návrhu vyplácet náhrady po určitou dobu. Na tři roky by se vrátila praxe, která skončila s dubnem 2013. Kormoráni tehdy vypadli ve vyhlášce ze seznamu zvláště chráněných živočichů a stát přestal rybáře odškodňovat. V zákoně o poskytování náhrad škod způsobených vybranými zvláště chráněnými živočichy však kormorán zůstal.
Poslanci, k nimž patří i ministr zemědělství Marian Jurečka (KDU-ČSL), proto navrhli kormorána ze zákona vyškrtnout a zavést tříleté přechodné období pro odškodňování. Od ledna do konce roku 2019 by rybáři dostávali stoprocentní náhradu prokazatelně způsobených škod a za rok 2020 náhradu 80procentní.
Důvodem pro vypuštění kormorána ze seznamu zvláště chráněných živočichů je podle předkladatelů novely to, že přestal existovat celospolečenský zájem na jeho ochraně. Umožnilo by to podle nich i jeho lov podle pravidel v zákoně o ochraně přírody a krajiny, ve tříletém období by mohly početní stavy kormorána klesnout.
Návrh na obnovu vyplácení náhrad za škody způsobené kormoránem velkým už dříve předložila skupina poslanců ze zemědělského výboru. Vláda ale s jejich návrhem nesouhlasila a předkladatelé ho posléze stáhli. Nyní přijatý návrh kabinet naopak podpořil.