NKÚ prověřoval údaje závěrečného účtu kapitoly státního rozpočtu ministerstva, vedení účetnictví a sestavení účetní závěrky a také údaje, které MPO předkládalo pro hodnocení plnění státního rozpočtu. \"Kontroloři zjistili, že některé části závěrečného účtu nebyly úplné. Některé informace v závěrečném účtu neodpovídaly údajům ve finančních výkazech nebo v účetní závěrce za rok 2015, jiné uvedlo ministerstvo nesprávně,\" popsala stav účetnictví Jana Gabrielová z odboru komunikace NKÚ.
Informace z účetnictví a účetních závěrek jsou podle kontrolorů zdrojem pro operativní a strategické řízení na úrovni účetních jednotek i státu nebo pro určení nákladovosti jednotlivých agend. Podle NKÚ by už chyby dohromady za 931 milionů korun v účetní závěrce ovlivnily ekonomická rozhodnutí uživatelů závěrky. Kontroloři přitom našli v závěrce MPO chyby za 25 miliard. \"Uživatelé účetní závěrky tak v řadě případů dostávají jinou informaci, než jakou by získali při zobrazení skutečnosti v souladu s účetními předpisy,\" sdělila Gabrielová.
V údajích pro hodnocení plnění státního rozpočtu, kde byly nesprávné údaje za 15,7 miliardy, byla podle NKÚ nejvýznamnější chyba v zatřídění dotací na obnovitelné zdroje energie. \"MPO je vykázalo jako výdaje na vlastní činnost ministerstva. Takto vykázaný číselný údaj tak podává jinou informaci, než jaká je zveřejněna v závěrečném účtu kapitoly. Nelze z něj zjistit, že jde o jeden z nástrojů řízení energetické politiky státu,\" uvedla Gabrielová.
Ministerstvo kromě zmíněných pochybení také třeba hospodařilo s téměř stovkou milionů korun z Programu energetických úspor zcela mimo rozpočet. S penězi podle NKÚ ministerstvo nakládalo bez zákonného zmocnění, jen na základě smlouvy uzavřené s bankou.