Nedostatky v účetnictví za více než čtyři miliardy korun se týkaly účtování výnosů z předfinancovaných projektů z operačního programu Lidské zdroje a zaměstnanost. MPSV je zaúčtovalo v roce 2016, ale podle NKÚ tak mělo učinit už o rok dříve. Ministerstvo dále podle kontrolorů neúčtovalo dlouhodobé podmíněné závazky z uzavřených smluv.
Inspektoři NKÚ zjistili nedostatky také v údajích předkládaných ministerstvem pro hodnocení plnění státního rozpočtu. Nesprávnosti v těchto datech přesáhly 143 milionů korun, uvedl NKÚ.
Podle kontrolorů ministerstvo často měnilo účetní software a údaje, které do něj vkládalo, nebyly dostatečně podrobné. \"Od roku 2011 změnilo MPSV svůj účetní software třikrát, naposledy v roce 2016,\" zjistil NKÚ. Přechod na nový systém ale neměl resort podle kontrolorů dobře připravený.
\"Kvůli neprůkaznosti účetnictví nemohl NKÚ vyhodnotit, jestli účetní závěrka MPSV za rok 2016 podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví a finanční situace ministerstva,\" konstatovali kontroloři. Ze stejného důvodu nemohl NKÚ posoudit ani to, zda jsou údaje závěrečného účtu v souladu s údaji z účetnictví.