Do zisku i tržeb Lesů ČR se podle dřívějšího vyjádření podniku negativně promítá významné snížení cen dřeva, kterého je kvůli kůrovci a živelním kalamitám na trhu velký přebytek. Dříví se prodává za méně peněz také kvůli jeho nižší kvalitě. Ve vyšší těžbě se odráží snaha podniku zpracovat kalamitní dřevo co nejrychleji. Podnik také kvůli přednostní těžbě kalamit zastavil u smrků a borovic úmyslné těžby zdravého, tedy dražšího dřeva.
Jednou z hlavních priorit podniku v letošním roce je likvidace kůrovcové kalamity, která v Česku trvá od roku 2016. Kůrovcovou kalamitou jsou nejvíce postižené lesy na severní Moravě. \"Nejdůležitější je soustředit a maximálně využít v kalamitních oblastech dělníky i stroje - odvozní soupravy, vyvážečky, harvestory, aby se podařilo co nejrychleji zvládnout těžbu, asanaci a odvoz dříví,\" uvedla nedávno mluvčí LČR Eva Jouklová.
Na Lesy ČR míří v poslední době kritika za to, že zanedbaly preventivní opatření proti šíření kůrovce, zvláště na Moravě. Kvůli kůrovci ministr zemědělství v demisi Jiří Milek (za ANO) odvolal 11. května generálního ředitele Lesů ČR Daniela Szóráda. Szórád následně odmítl, že by kvůli jeho řízení podnik nezvládal likvidaci kůrovcové kalamity. Problém se podle něj netýká pouze lesů ve správě Lesů ČR, ale všech vlastníků lesů, a to i v sousedních zemích. Vedením podniku je nyní pověřen ředitel lesního a vodního hospodářství Lesů ČR Tomáš Pospíšil.
Lesy ČR většinu prací v lesích i prodej dřeva zadávají soukromým firmám prostřednictvím každoročních pětiletých tendrů zhruba pro pětinu území. Největšími obchodními partnery Lesů ČR jsou skupina Uniles z holdingu Agrofert a dále firmy Stora Enso Wood Products Ždírec, Kloboucká lesní, Lesní společnost Ledeč nad Sázavou a Jihozápadní dřevařská.