Novela mimo jiné upravuje režim hypotečních zástavních listů, nově krytých dluhopisů, a jejich správu v případě úpadku toho, kdo cenné papíry vydal. Ministerstvo navrhuje hypoteční zástavní listy vyjmout z případného insolvenčního řízení. Návrh také upravuje agenta pro zajištění i společného zástupce vlastníků dluhopisů.
Agent pro zajištění je podle ministerstva sjednáván již nyní, jeho úprava v zákoně však dosud chyběla. Jde o zástupce vlastníků dluhopisů, který je zastupuje ve vztahu k zajištění, kdy vlastníci sami nejsou oprávnění jednat, a to ani v průběhu exekučního nebo insolvenčního řízení. V praxi jsou takovým agentem často banky.
Novela reaguje na aktuální situaci na finančním trhu i tím, že do zákona vkládá úpravu dluhopisů se zápornými výnosy, kdy investoři fakticky platí za to, že někomu půjčili peníze. Označují se zpravidla jako \"zero bondy\". Jen český stát vydal od ledna do července 2016 podle důvodové zprávy státní dluhopisy se záporným výnosem v objemu 60 miliard korun. Zákon bude nově výslovně odrážet situaci, že výnos dluhopisu může být i negativní. Emisní kurz dluhopisu bude moci být vyšší než jeho jmenovitá hodnota.
Novela zákona o dluhopisech nepřebírá nová evropská pravidla, jde o národní úpravu. Snahou ministerstva financí při přípravě novely bylo zatraktivnit emise hypotečních zástavních listů pro investory. Tyto cenné papíry jsou kryté pohledávkami z hypotečních úvěrů a představují z pohledu investora nadprůměrně bezpečné instrumenty.
Poslanci na návrh rozpočtového výboru vložili do předlohy pozměňovací návrh Jiřího Dolejše (KSČM), který mimo jiné upravuje pořadí nezajištěných dluhových nástrojů v hierarchii věřitelů při insolvenci dlužníka. Ministerstvo financí s návrhem vyjádřilo souhlas.