Plesl v reakci na investigativní pořad Zvláštní vyšetřování nejdříve ve středu na sociálních sítích uvedl, že Lukačovič \"vstoupil do stejného ringu a musí se připravit na to, že to někdo udělá jemu\" a že se vše změní, až se někdo začne \"rejpat v rodině Ivovi\". Dnes se na komentářové straně deníku MF Dnes objevilo, že odvysíláním reportáže, která zabrousila do rodinného zázemí premiéra a chorobopisu jeho syna, se majitel Seznam.cz vystavil podezření, že \"zneužívá svá média pro vlastní byznysové zájmy\".
\"Obsah všech redakcí skupiny Seznam.cz je na vedení společnosti i jejím majiteli, kterým je Ivo Lukačovič zcela nezávislý, o čemž vypovídá i fakt, že členové představenstva byli s obsahem nového dílu Zvláštní vyšetřování seznámeni až po jeho oficiálním zveřejnění v Televizi Seznam a na webu Seznam Zprávy. Tento přístup považuje Seznam.cz za jediný možný při tvorbě obsahu a takto by měla fungovat nezávislá média,\" uvedli členové představenstva v prohlášení.
Kontrolním mechanismem pro práci redaktorů není v případě médií Seznam.cz vedení či majitel společnosti, ale redakční rady, které přijímají veškeré podněty veřejnosti k práci redakcí. \"Politický aktivismus nemá a nikdy nebude mít v obsahu redakcí společnosti Seznam.cz žádné místo. Seznam.cz vyjadřuje podporu všem svým redakcím a je přesvědčený, že ochrana jejich poctivé a nezávislé práce je v zájmu nejširší veřejnosti,\" vyjádřilo se vedení Seznamu. Výhružky šéfredaktora deníku chce podle vyjádření ponechat kriticky uvažující veřejnosti.
V reportáži redaktoři Seznamu Sabina Slonková a Jiří Kubík vypátrali Babišova syna Andreje ve Švýcarsku a se skrytou kamerou s ním udělali rozhovor k jeho zmizení z Česka a kauze Čapí hnízdo. Babiš mladší figuroval jako jeden z vlastníků společnosti v době, kdy žádala o evropské dotace. Čelí spolu se svým otcem a dalšími lidmi obvinění, že se podílel na účelovém vyvedení Čapího hnízda z holdingu Agrofert, aby na dotaci více než 50 milionů korun dosáhl. Babiš mladší zatím kvůli svému zdravotnímu stavu a odjezdu do zahraničí nebyl vyslechnut.