Fond je zprostředkovatelem finanční podpory z Evropské unie a národních zdrojů. Spravuje a kontroluje dotace z Evropského zemědělského záručního fondu, Evropského zemědělského fondu pro rozvoj venkova a Evropského rybářského fondu.
Na přímých zemědělských platbách, jako je platba na plochu nebo pro začínající zemědělce, by měl fond v příštím roce přerozdělit 21,54 miliardy korun z rozpočtu EU. Na program Mléko do škol má jít 315,6 milionu korun, z toho 270 milionů korun ze státního rozpočtu. Na obdobný program ovoce a zelenina do škol se počítá se 321 miliony, z toho 220 milionů korun má jít ze státního rozpočtu.
Na intervenční nákupy másla a sušeného odstředěného mléka a jejich skladování by se mělo vynaložit 85 milionů korun. Většinu částky si chce fond půjčit od ministerstva financí. Na marketingovou činnost má jít 250 milionů korun, z toho 170 milionů korun na podporu kvalitních potravin, 50 milionů korun na podporu značky Regionální potravina a 30 milionů korun na podporu produktů ekologického zemědělství. Ministerstvo chce fondu dát 200 milionů korun, zbytek fond bude muset najít ve zbytku peněz z letošního roku.
V návrhu rozpočtu stojí, že přidělené dotace z kapitoly ministerstva zemědělství na rok 2019 na správní výdaje a marketingovou činnost plně nepokrývají předpokládané výdaje SZIF. Fondu podle návrhu rozpočtu chybí 410,5 milionu korun na investice do plánovaných stěžejních projektů. O penězích bude fond dále jednat, ale pokud je nezíská, projekty neuskuteční.