Ministerstvo financí podle NKÚ v účetnictví Národního fondu vykazovalo neexistující pohledávky za Evropskou komisí za programové období 2004 až 2006 zhruba 600 milionů korun. \"Riziko nesprávného vykázání pohledávek za Evropskou komisí v souvislosti s programovým obdobím 2004-2006 je ale vyšší - týká se celého v rozvaze vykázaného nároku ve výši téměř 5,7 miliardy korun,\" upozornili kontroloři.
Existuje podle nich reálné riziko, že pokud MF nezmění stávající postupy, bude i za programové období 2007 až 2013 v účetní závěrce za rok 2018 vykazovat neexistující pohledávky spojené s evropskými penězi.
MF dále v účetní závěrce za rok 2017 vykázalo rozvahové závazky vůči subjektům, jimž byly předfinancovány výdaje, a to ve výši přesahující 5,6 miliardy korun. U těchto závazků přitom podle NKÚ není jisté, jestli budou v plné výši uhrazeny.
V přehledu o peněžních tocích pak ministerstvo nesprávně vykázalo operaci za více než 71 miliard korun v rámci peněžních toků z provozní činnosti, která se týkala změny stavu dlouhodobých závazků a která navíc nebyla spojena s žádným peněžním tokem. \"Taková nesprávnost významně zkresluje vypovídací hodnotu tohoto přehledu, a tedy i možnost porozumět struktuře i rozsahu jednotlivých druhů peněžních toků z činností MF,\" míní kontroloři.
Nejvyšší kontrolní úřad tak ministerstvu financí doporučil, aby upravilo účetní předpisy. Například způsob naplnění některých položek přehledu o peněžních tocích je podle názoru NKÚ upraven nejednoznačně, takže vykázané číselné údaje mohou kvůli tomu podávat informace lišící se od skutečnosti.