Proti senátní úpravě se postavilo ministerstvo financí, podle kterého by přinesla obcím a krajům administrativní zátěž. Senátoři svou změnu obhajovali tím, že kraje by jinak ztratily přehled o důležitých informacích o obcích na svém území. Vladislav Vilímec (ODS) podotkl, že Sněmovna schválila úpravy na popud ministerstva financí bez standardního legislativního procesu.
Kraje nyní zpracovávají souhrnné zprávy o výsledcích finančních kontrol ze zpráv, které vkládají obce do informačního systému ministerstva financí. Kraje rovněž kontrolují, jak obce plní své vykazovací povinnosti a správnost vyplněných údajů.
Ministerstvo financí na základě jednání se zástupci obcí a krajů doporučilo tuto povinnost zrušit. Kraje by tak odevzdávaly zprávu pouze za sebe a své podřízené organizace. Sněmovní verzi proto podporují, stejně jako Svaz měst a obcí, uvedla ministryně financí Alena Schillerová (za ANO). Vilímec to zpochybnil s tím, že podporu vyjádřily krajské úřady, ne kraje.
Novela reaguje na směrnici EU, která požaduje zavést systém řízení a kontroly veřejných financí u všech subjektů veřejné správy. Proto je podle podkladů nynější právní úprava nedostatečná. Schillerová uvedla, že Česko mělo změnu přijmout už před šesti lety.
Novela, kterou nyní dostane k podpisu prezident, má podle ministryně ulehčit malým obcím, které musejí mít podle platné úpravy hlavního účetního nebo správce rozpočtu. Tuto povinnost je v praxi obtížné dodržet zejména pro obce, které mají málo zaměstnanců. Nově by u obcí a jiných malých organizací, které nemají více než pět zaměstnanců, mohl povinnosti správce rozpočtu nebo hlavního účetního zajišťovat externí účetní.