Odpůrci návrhu poukazovali na to, že zrušením povinnosti přimíchávání biosložek do paliv by Česko nesplnilo závazek EU, podle kterého musí používat deset procent energie z obnovitelných zdrojů v dopravě do roku 2020. Dodavatelé pohonných hmot tak musejí nyní přimíchávat povinně alespoň 4,1 procenta biosložky do benzinu a šest procent do nafty.
Autoři návrhu argumentovali tím, že biopaliva první generace se nepodílejí na snižování emisí skleníkových plynů. Ty se naopak uvolňují z použitých hnojiv i ze zemědělské techniky. Navíc na litr biosložky je potřeba až 2500 litrů vody. Pěstováním plodin pro výrobu biosložky v podobě monokultur, mezi něž patří například řepka olejka, se snižuje půdní diverzita. Podle ministerstva zemědělství by omezení spotřeby biopaliv první generace neznamenalo odklon od pěstování a zpracování řepky olejky, neboť by byla exportována do jiných zemí EU.
Jedním z největších zpracovatelů řepkového semene a výrobcem metylesteru, který se přimíchává do bionafty, je společnost Preol z holdingu Agrofert. Vlastníkem Agrofertu byl premiér Babiš, který akcie Agrofertu kvůli změně zákona o střetu zájmů převedl v roce 2017 do svěřenského fondu.
Projednávání novely o ochraně ovzduší vzbudilo pozornost již při projednávání ve vládě vzhledem k tomu, že ministerstvo dopravy své původně kladné stanovisko krátce před jednáním kabinetu změnilo s ohledem na postoje dalších ministerstev.