Dominantní postavení podle úřadu České dráhy zneužily na tratích Plzeň - Most a Pardubice - Liberec, když ČD podaly v tendru nabídky s nepřiměřeně nízkou výší prokazatelné ztráty. Ta se používá při výpočtu odpovídající kompenzace pro provozovatele veřejné dopravy.
\"Díky této nabídce České dráhy nabídkové řízení vyhrály, a poté začaly poskytovat služby, u nichž úhrada prokazatelné ztráty spolu s dalšími výnosy z poskytování uvedených služeb v této relaci nepokrývala jeho vyhnutelné náklady na jejich poskytování,\" uvedl Petr Rafaj.
Předseda při svém rozhodování částečně vyhověl námitkám Českých drah k výpočtu výše pokuty. \"V prvostupňovém rozhodnutí nebyla zohledněna různá míra závažnosti dopadů jednání na obchod mezi členskými státy a na trh národní, což se projevilo tím, že základní částka pokuty byla za všechny delikty spáchané v souběhu navyšována stejně přísně,\" zdůvodnil snížení sankce Rafaj.
Na trati Plzeň-Most docházelo k protisoutěžnímu jednání v letech 2005 až 2014, na trati Pardubice-Liberec v letech 2006 až 2014. Svým jednáním způsobily České dráhy újmu dalším soutěžícím společnostem, které se v začátcích liberalizace železniční dopravy o zakázku ucházely.
Na obou tratích se o provoz ucházela také společnost Viamont, která v současnosti funguje pod názvem GW Train Regio a provozuje dopravu na několika regionálních tratích v Česku. O trať Pardubice - Liberec se ucházela ještě společnost Connex Česká železniční. Založena byla v roce 2004, aby provozovala železniční dopravu, což se nepodařilo, a v roce 2008 vstoupila do likvidace.