Novela církevního zákona porušuje ustanovení Listiny základních práv a svobod, která je součástí ústavního pořádku ČR o právu občana na svobodné projevování svého náboženství nebo víry. Omezuje právo církví zřizovat své instituce nezávisle na státních orgánech. Je v rozporu s nálezem Ústavního soudu 4/2003. Ten již jednou zrušil podobná ustanovení.