Spor mezi Českem a komisí se táhne již delší dobu. Bruselu se nelíbí především smlouvy mezi městy a provozovateli vodohospodářské infrastruktury. Jednotlivé smlouvy jsou prý příliš dlouhé a nezaručují dostatečný příliv investic. Česko sice již komisi jednou ustoupilo, aby získalo dotace pro čtyři hospodářské projekty v hodnotě zhruba 1,7 miliardy korun, ale v nebezpečí se opět ocitly projekty další.
Komise Česko před časem vyzvala, aby přijalo nová doporučení, která umožní přidělení evropských dotací určených pro nové rozpočtové období v letech 2007 až 2013. Vláda nakonec určitá doporučení přijala, ale generální ředitel EK pro regionální rozvoj Dirk Ahner je v dopise Bursíkovi jednoznačně odmítl. "Po pečlivém zvážení jsme dospěli k závěru, že navržená opatření neodrážejí porozumění smlouvě o financování vodohospodářských projektů z kohezního fondu," uvedl Ahner.
Brusel má především dvě výhrady. ČR přislíbila, že v některých projektech znovu uskuteční výběrová řízení na provozovatele infrastruktur, ale podle EK je nedostatečně zaručena průhlednost takových řízení. Druhá výtka je směřována na délku smluv mezi provozovateli vodohospodářské infrastruktury a například městy. V současnosti nejsou výjimkou smlouvy s dobou trvání kolem 25 let. Česko přislíbilo, že se některé pokusí zkrátit na 10 až 15 let. Ahner ale tvrdí, že je to naprosto nedostatečné.