Aerolinky se dostaly do problémů poté, co jejich rakouský většinový vlastník Austrian Airlines (AUA) požádal Slovensko o splacení starých dluhů firmy ve výši 170 milionů slovenských korun (144 milionů Kč). Slovenská vláda však o zaplacení této částky nerozhodla, takže se rakouský podnik přestal podílet na financování Slovenských aerolinií. Zároveň jim odebral dvě ze tří letadel. O třetí letoun firmu připravila leasingová společnost. Žádost o vyhlášení konkurzu podal slovenský přepravce začátkem měsíce.
Společnost Austrian Airlines ještě v roce 2004 pracovala na záchraně Slovenských aerolinií před krachem. AUA vlastní ve slovenské firmě téměř dvě třetiny akcií, zbytek ovládá stát.
Slovenské aerolinie před odebráním letadel nabízely cestujícím v rámci pravidelných linek mimo jiné lety do Bruselu a Moskvy. Spolupracovaly rovněž s cestovními kancelářemi při přepravě turistů na dovolenou.