Aplikace trojského koně spočívá v tom, že v počítači či mobilním telefonu je podvodně nainstalován program, který zjistí heslo ke kontu pomocí odezírání úderů na klávesnici.
Jednorázové přihlašovací heslo vypočítá podle Rosy z čipové karty speciální kryptografická kalkulačka. Do ni se čipová karta vloží, klient zadá PIN platební karty a kalkulačka mu zadá přihlašovací heslo do systému internetového bankovnictví. Je to podle Rosy nejlepší systém ochrany, který ale ještě musí dozrát. Rosa předpokládá plošné rozšíření tohoto způsobu přihlašování v ČR do pěti let.
Potíže při zabezpečení před útoky na internetové bankovnictví působí podle něj hlavně selhání lidského faktoru, lidé například nemají zabezpečeny osobní počítače před útoky.
Do budoucna by se podle Rosy mělo pro přihlašování používat nejen heslo, čipová karta, ale i otisk palce, obraz duhovky apod. Rosa tvrdí, že systém zabezpečení internetového bankovnictví je v ČR lepší než v řadě zemí západní Evropy.
V ČR roste také podle ČBA úroveň zabezpečení platebních karet. Rozšiřují se čipové karty, které na rozdíl od magnetických mají ochranu proti padělání. V ČR jsou podle Karla Kadlečáka z expertní skupiny ČBA karty s magnetickým proužkem postupně nahrazovány čipovými. Na konci roku 2006 bylo v ČR 44 procent vydaných debetních čipových karet, 32 procent vydaných kreditních čipových karet, 98 procent bankomatů s čipovou technologií a 84 procent terminálů s touto bezpečnější technologií.
Podíl podvodů s platebními kartami u obchodníků se podle Kadlečáka za posledních pět let snížil desetkrát. "Statistiky ukazují, že bezpečnost bezhotovostních operací stále roste," dodal Ladislav Pauker z ČBA.