Podle Čunka za tuto situaci může nekvalitní kontrolní systém čerpání peněz. Ministr nicméně věří, že se ČR podaří chyby zpětně napravit a že peníze vracet nebude. Ministerstvo pro místní rozvoj nyní zabezpečuje kvalitnější kontrolní systém, aby v budoucnu ČR nemusela peníze EU vracet, řekl ministr.
Dalším problémem v minulém období bylo podle Čunka i to, že smlouvy na čerpání peněz byly uzavřeny na jednotný kurz koruny k euru. Ten byl v té době cca 32 korun za euro, nyní s kurz pohybuje kolem 28 korun za euro. Podle ministra tak bude muset vláda obcím a krajům buď tyto kurzové ztráty uhradit, nebo se bude muset šetřit v programech. Kurzové ztráty činí podle Čunka 1,3 miliardy korun.
Jednání s Evropskou komisí je podle Čunka komplikované proto, že ČR má nejvíce operačních programů ze všech zemí EU, a to 24. Programy se vzájemně překrývají a jsou administrativně náročné, což podle Čunka zhoršuje vyjednávací pozici ČR. Ministr připomněl, že třeba Španělsko má jen jeden operační program spravovaný ministerstvem financí. Zvláštním tvrdým oříškem při vyjednávání bude podle Čunka Integrovaný operační program, ze kterého se má například financovat kultura nebo zefektivnění veřejné správy.
První kolo jednání mezi ČR a Evropskou komisí se uskuteční 17. dubna, bude se bude jednat o Národním strategickém referenčním rámci (NSRR) a o jednotlivých operačních programech. Čunek věří, že NSRR a operační programy budou projednány do srpna 2007. Některé programy však mohou být podle Čunka schváleny už v červnu. ČR má možnost v následujících sedmi letech z EU získat celkem 780 miliard korun.