U vnitrostátních linek proto bude platit přechodné 15leté období. U mezinárodních vlaků začnou dopravci odškodňovat cestující za zpoždění již od roku 2009. Pokud vlak nabere více než hodinové zpoždění, bude mít cestující nárok na čtvrtinu peněz zaplacených za jízdenku, při delším zpoždění se částka zvyšuje. Železnice také budou muset cestujícím poskytnou další služby, jako je ubytování v hotelu nebo občerstvení.
Podle ministerstva dopravy se na zpoždění českých vlaků podepisuje především méně kvalitní železniční infrastruktura a zastaralý vozový park. Přechodné období tak potřebují především nové členské země EU. "Například 80 procent zpoždění je v současnosti zapříčiněno stavebními prácemi na infrastruktuře," píše se v materiálu MD.
Proto je prý možné očekávat, že během skončení přechodné doby se podaří modernizovat železnici, a riziko zpoždění tak snížit na minimum. V ČR se nyní buduje základní síť železničních koridorů. Rušno je zejména na trati z Prahy do Českých Budějovic, kde vlaky i přes změnu jízdního řádu nabírají zpoždění téměř vždy.
Zpoždění se nevyhýbají ani mezinárodním spojům. Například ranní rychlík Jaroslav Hašek z Prahy do Budapešti 22. června nabral hned na odjezdu z Prahy téměř dvouhodinové manko.
Patnáctileté období je kompromisem mezi požadavkem EP, který byl ochoten přistoupit na desetiletou lhůtu, a žádostí České republiky, která původně chtěla prosadit 20 let. ČR nakonec pohrozila, že pokud přechodné období bude kratší než 15 let, bude celý návrh o odškodňování vetovat. Protože nařízení začne platit od roku 2009, má Česká republika čas až do roku 2024, aby se vypořádala s opožděnými vlaky na vnitrostátních linkách.