O bývalém ministrovi se v poslední době mluví hlavně v souvislosti s rozhodnutím soudu, který jej kvůli založení společnosti Testcom servis poslal, zatím nepravomocně, na 5,5 roku do vězení. Ve stejné kauze byli k šesti letům vězení odsouzeni bývalý šéf Testcomu a exředitel České televize Dušan Chmelíček a náměstek společnosti Vít Novotný. Všichni tři nepravomocně odsouzení vinu od počátku odmítají.
Mlynář v dubnu 2005 rezignoval na ministerskou funkci, o rok později vystoupil ze strany. V posledních měsících pracuje jako konzultant v oblasti telekomunikací a e-governmentu.
Trest 5,5 roku vězení vyměřil Mlynářovi pražský městský soud v lednu, nyní je kauza u Vrchního soudu v Praze. Odvolací soudci začali spis studovat počátkem června.
Firma Testcom servis měla provozovat internetový portál veřejné správy. Obžalovaní podle soudu uzavřeli pro stát nevýhodnou smlouvu a na její činnost použili 7,5 milionu korun z rezervního fondu příspěvkové organizace Testcom. Zisk měl ale podle smlouvy zůstávat Testcom servisu a o jeho rozdělení měli podle žalobce rozhodovat Chmelíček s Novotným. Stát měl ještě za některé služby platit.