Vláda v roce 2000 schválila plán, který počítal s finančními částkami i s uskutečněním jednotlivých vodohospodářských staveb. Podle NKÚ však stát neplní ročně aktualizované strategie financování a řada akcí se posouvá na léta 2008 až 2010.
Například v roce 2005 stát vynaložil jen necelou polovinu plánovaných peněz. "Ministerstvo zemědělství přitom stále nemá dostatečné podklady o schopnosti investorů zajistit vlastní zdroje, v odhadované výši 11,2 miliardy korun, potřebné k zajištění spolufinancování akcí z prostředků Evropské unie," uvedl prezident NKÚ František Dohnal.
V 16 aglomeracích se podle Dohnala nepodařilo dodržet termín dokončení do konce loňského roku. Podařilo se ho splnit u 2,7 milionu tzv. ekvivalentních obyvatel, což je o čtvrtinu méně, než se plánovalo ke konci roku. "Významně vzrůstá riziko, že závazek České republiky nebude v roce 2010 splněn," varoval Dohnal.
Tzv. ekvivalentní obyvatel představuje znečištění vod jedním obyvatelem za den, ale zahrnuje i znečištění z jiných zdrojů přepočítané tak, jako by ho produkovali obyvatelé.
Podle příslušné evropské směrnice musí být například všechna sídla nad 2000 ekvivalentních obyvatel vybavena kanalizací pro svod odpadních vod. Městské odpadní vody v sídlech a aglomeracích do 2000 ekvivalentních obyvatel musí být před vypuštěním přiměřeně čištěny, v celcích nad 10.000 obyvatel musí být čištěny podle ještě přísnějších požadavků.
NKÚ také zjistil některé nedostatky při zadávání veřejných zakázek a nedodržování pravidel při finanční spoluúčasti státu na financování akcí.