Program prevence před záplavami počítá s použitím celkem 15 miliard korun. Devět miliard má být v příštích letech použito z úvěru od Evropské investiční banky. Dalších 2,2 miliardy korun půjde ze státního rozpočtu. Nejméně 500 milionů korun by pak měly představovat vlastní zdroje investorů.
Program je rozdělen do čtyř podprogramů. První je zaměřen na nádrže, druhý na vodní toky - zvyšování kapacity koryt, ochranné hráze nebo zvyšování průtočné kapacity jezů. Třetí podprogram má podpořit zvyšování bezpečnosti vodních děl a čtvrtý studie a průzkumy předcházející budování protipovodňových opatření.
Kromě zmíněného programu zahrnuje prevence záplav například také podpory na obnovu, odbahnění a rekonstrukce rybníků či protipovodňová opatření v rámci pozemkových úprav.