Další chyba vznikla podle NKÚ na ministerstvech práce a sociálních věcí a financí, která zadala veřejné zakázky na informační systémy výzvou jen jednomu zájemci. Mezi další zjištěná pochybení patří například neoprávněné čerpání jednoho a čtvrt milionu korun z operačního programu Rozvoj lidských zdrojů a JPD3. Toho se podle úřadu dopustilo MPSV.
Celkové výdaje vynaložené v souvislosti s pořízením a provozem jednotlivých informačních systémů v letech 2001-2006 činily přes 254 milionů korun. Monitorovací systém strukturálních fondů slouží ke sledování obsahového a finančního plnění jednotlivých projektů financovaných z Bruselu. Garantem fungování systému je MMR.
Kontroloři NKÚ se zaměřili na funkčnost informačních systémů, na stanovené podmínky před vynaložením výdajů i na postupy zadávání veřejných zakázek. NKÚ kontroloval ministerstva od dubna do října 2007. Kontrolováno bylo období od roku 2001 do roku 2006.
Z rozpočtového období 2004 až 2006 Česko vyčerpalo do půlky ledna přibližně polovinu ze 40 miliard korun, které má na tyto roky přidělené, a které může získat do konce letošního roku. V letech 2007 až 2013 může ČR dostat z evropských fondů zhruba 700 miliard korun. Pokud se však projekty financované EU dostanou do rozporu s unijními pravidly, musí členské státy peníze vracet.