Diskuse o rozpočtu bude mít úzkou spojitost s debatami o budoucnosti společné zemědělské politiky EU, která je trnem v oku ekonomů a celé řady politiků. Evropská unie totiž ještě v nedávné minulosti vydávala většinu peněz z rozpočtu do zemědělství, přičemž tento sektor je z hlediska podílu na tvorbě hrubého domácího produktu unie okrajový.
Načasování debat o budoucí podobě rozpočtu bude do značné míry souviset s tím, kdy Evropská komise zveřejní takzvanou Bílou knihu, tedy dokument, který vytyčí nejproblematičtější oblasti. Mělo by se tak stát na přelomu let 2008 a 2009. Je ale nanejvýš pravděpodobné, že Bílá kniha spatří světlo světa právě na začátku příštího roku, tedy v době, kdy se Češi chopí předsednictví EU. Česká vláda pak bude muset přijít s vlastním stanoviskem a ujmout se moderování celé diskuse, která podle diplomatických zdrojů ČTK neskončí dříve než v roce 2010.
Časově daleko náročnější práce však české diplomaty čeká v oblasti finančních služeb. Během pouhých třech měsíců, které budou od začátku roku 2009 zbývat do konce funkčního období Evropského parlamentu, musí přivést ke schválení celou řadu směrnic a předpisů. Jde přitom o značně složitá témata, mimo jiné o kapitálové přiměřenosti. Je navíc velmi pravděpodobné, že se Česko v čele EU bude muset vypořádat s případnými dozvuky současné krize na finančních trzích.
Hodně práce českou vládu čeká i v oblasti daní. Během předsednictví bude muset k úspěšnému konci dotáhnout řadu technických novel, které by měly zajistit lepší fungování vnitřního trhu Evropské unie. Nejožehavější ale bude diskuse o společném základu daně pro podniky (CCTB), kterou se nejspíš chystají rozpoutat již Francouzi, jejichž předsednictví začíná v polovině letošního roku.
Kromě Francie na sjednocení základu daně tlačí i Němci, kteří v rozdílné výši daní vidí důvod odchodu některých podniků na východ a ztrátu pracovních míst. Jejich stížnostem naslouchá i eurokomisař pro daně Lászlo Kovács, který by měl letos v září představit legislativní návrh CCTB. Česko se do řešení společného daňového základu příliš nehrne a dá se očekávat, že za jeho předsednictví podobné debaty výrazně nepokročí a další diskusi povedou Švédové, kteří přebírají "kormidlo" EU hned po ČR.
Spíše okrajovou záležitostí, která má ovšem vždy velký mediální dopad, bude zveřejnění nových projekcí stárnutí populace, jež rovněž vychází na dobu, kdy Češi unii povedou. Evropská komise na základě projekcí rozděluje jednotlivé země do skupin podle rizikovosti veřejných financí. Česká republika přitom v posledním hodnocení skončila v nejrizikovější skupině spolu s dalšími pěti státy EU.