Aerolinky uzavřely s bratislavským letištěm novou dohodu, v rámci které se jim zvyšují letištní poplatky. Společnost podle šéfa očekávala od vedení letiště nižší sazbu na lety do české metropole, podobně jako má na vnitrostátní trase mezi Bratislavou a Košicemi, tu se jí ale nepodařilo vyjednat. Linka tak nyní není schopná konkurovat vlaku nebo autu. V Praze podle Bittera společnost nemá od letiště žádné slevy, protože na trase létají také České aerolinie.
Linka mezi Bratislavou a Prahou má zaniknout od 26. března. SkyEurope v současnosti létá na této trase v pracovní dny dvakrát denně a o víkendu jednou denně. Volné kapacity po zrušení plánují aerolinky využít na posílení linky mezi Prahou a Košicemi a na lety do letních prázdninových destinací.
Cesta letadlem z Bratislavy do Prahy trvá téměř hodinu. Cestující se však musí přepravit na letiště a vybavit formality, což přepravu prodlužuje. Vlakem nebo autobusem cesta zabere v závislosti od zvoleného spoje nejméně čtyři hodiny, autem asi o půl hodiny méně.
SkyEuropě v současnosti provozuje 14 letadel, které využívá pro přepravu cestujících do 19 zemí. V prvním čtvrtletí finančního roku 2008, které skončilo v prosinci, snížila firma ztrátu o 2,5 milionu eur na 11,33 milionu eur (283,8 milionu Kč). Provozní tržby stouply o třetinu na 53,06 milionu eur.