Vačkář byl formálním šéfem ministerstva od listopadu, kdy Čunek odstoupil. "Na jednu stranu sice konzultoval některé své kroky s bývalým šéfem, na druhou si ale vyšlapával cestu k postu ministra, kdyby se Jiří Čunek nevrátil. A ten si chce nyní udělat pořádek," cituje zdroj z ministerstva Týden.cz.
Čunek minulý týden při opětovném nástupu do funkce ohlásil na ministerstvu rozsáhlé personální a organizační změny. Ohlásit je chce podle serveru až po návratu dvou náměstků z ciziny. Například Vačkář je nyní na konferenci o cestovním ruchu v Egyptě.
Koncem března oznámil rezignaci k 15. dubnu náměstek MMR pro evropské záležitosti Daniel Toušek. Za hlavní důvody plánované rezignace označil chybějící podporu, kterou pociťoval jako nestraník, dále střet ohledně koncepce vedení resortu s náměstkem pro řízení úřadu a finanční toky Milanem Půčkem. Ten na MMR přišel stejně jako Čunek ze vsetínské radnice.
Od 11. ledna, kdy z funkce odstoupil Petr Pávek (SZ), chybí na MMR také náměstek pro bytovou politiku, územní plánování a stavební řád. Jeho kompetence si rozdělili ostatní náměstci.
Obsazení míst chybějících náměstků chce Čunek řešit s koaličními partnery. "Zelení tam měli náměstka a zřejmě ho budou chtít. Souvisí to samozřejmě i s jinými ministerstvy," řekl. Odmítl však, že by se obsazení uprázdněných funkcí uskutečnilo formou "handlu" s jinými resorty a koaličními stranami. Čunek připustil, že má již představu o konkrétních jménech, zároveň však řekl, že náměstek za Stranu zelených po Pávkovi bude záležet především na jejich volbě.