První nové letadlo přistane na Ruzyni v roce 2009 a ve flotile nahradí starší pronajatý Boeing 737. Ten firma vrátí majiteli. Druhý nový stroj nahradí v roce 2010 jeden z airbusů A320, který bude společnost nadále využívat pro nepravidelné lety s klienty cestovních kanceláří. Po dokončení akvizice bude firma na středních tratích využívat 18 letadel Airbus a 17 strojů Boeing 737.
Kromě pronájmu dvou nových letadel ČSA obnovují flotilu nákupem přímo od výrobce. V září přiletí na Ruzyni poslední Airbus A319 z dodávky 12 nových airbusů, která byla rozložena do minulých tří let. Společnost zároveň využila opci na dalších osm letadel tohoto typu s termínem dodání v letech 2011 a 2012.
Dvě ze čtyř dálkových letadel Airbus A310 nabízejí ČSA k prodeji v souvislosti s lednovým omezením letů do Kanady, které nevynášely podle představ vedení. Jeden ze zbylých letounů ČSA budou dále používat na pravidelné lety z Prahy do New Yorku, druhý pro nepravidelnou přepravu rekreantů do exotických zemí.
České aerolinie v současnosti provozují 51 letounů. Páteří flotily jsou dosud stroje pro střední tratě Boeing 737, které postupně nahrazují nové Airbusy A320 a A319. Kromě letadel pro střední tratě provozují České aerolinie na krátkých tratích vrtulová letadla ATR42 a ATR72 a na dálkových linkách Airbusy A310.