Hlavní část rekonstrukce se dotkne trasy z Omlenic do krajského města. Stavbaři vymění železniční svršek i spodek, obnoví odvodnění, přestaví 19 mostů a zpevní propustky. Stavbu má na starost sdružení stavebních firem Jižní koridor vedené firmou Skanska DS. Po dokončení prací budou moci vlaky jezdit až stokilometrovou rychlostí. Nyní tam soupravy smějí jezdit maximálně sedmdesátkou.
Stavbě předcházela elektrizace trati, modernizace zabezpečovacího zařízení a obnova železničních stanic. Rekonstruovat tak zbývá už jen některá místa, například stanici Holkov a zejména většinu mezistaničních úseků. Někde trať oddělí od okolí protihlukové stěny. Opravy se dočká i most ve stanici Rybník, kde se rozchází trať z Českých Budějovic do Českých Velenic a Horního Dvořiště.
S budováním koridoru budou spojené výluky, rekonstrukce zasáhne i dopravu v Českých Budějovicích. Od 8. do 14. června stavbaři uzavřou železniční přejezd v Křižíkově ulici, objížďka povede Novohradskou ulicí. Od 15. června řidiči neprojedou přes přejezd v Novohradské ulici, náhradní trasa povede Křižíkovou a Mánesovou ulicí. Od 12. do 25. června bude uzavřen přejezd na nádraží v Kaplici.
Trasa z Horního Dvořiště do Českých Budějovic byla navržena Františkem Antonínem Gerstnerem jako koněspřežka. Do provozu byla uvedena v roce 1828. V letech 1868 až 1871 na ní začaly jezdit parní vlaky. Nyní je trať součástí jedné z hlavních evropských železničních tras spojujících IV. a X. Panevropský koridor, tedy významným spojením severní a jižní Evropy.
První koridor vede z Děčína přes Prahu, Pardubice, Českou Třebovou a Brno do Břeclavi, druhý z Petrovic u Karviné přes Přerov do Břeclavi plus odbočka z Přerova na Olomouc a Českou Třebovou. Oba koridory byly dostavěny v roce 2004 a dohromady stály 73 miliard Kč.
Ve výstavbě jsou třetí koridor z Chebu přes Plzeň, Prahu, Českou Třebovou, Přerov a Ostravu na slovenské hranice a čtvrtý koridor z Děčína přes Prahu, Tábor, České Budějovice a Horní Dvořiště na hranice s Rakouskem. Vyjdou celkem na asi 110 miliard korun a hotovy budou nejdříve v roce 2016.