Největších změn doznaly podchody pocházející z počátku minulého století, které jsou nově vybaveny výtahy. Kromě pohodlí se zvýší i rychlost odbavení vlaků. "Počet nástupních hran se rekonstrukcí zvýší z dosavadních osmi na 12, čímž se zvětší kapacita spojů a budeme moci najednou přijímat více vlaků. To bude důležité hlavně od konce roku, kdy se do integrovaného dopravního systému zapojí také Hodonínsko a Břeclavsko," řekl Semorád. Čtyři nové nástupní hrany budou určeny především pro obsluhu spojů v rámci Integrovaného dopravního systému s rychlým přestupem na nedaleké autobusové nádraží.
Do roku 2010 by se měl opravit celý železniční uzel v Břeclavi. Výměna 21,7 kilometru opotřebovaných kolejí, zastaralých výhybek a asi 40 kilometrů trakčního vedení umožní rychlejší průjezd vlaků. Zatímco dosud musejí vlaky přes přednádraží projíždět osmdesátikilometrovou rychlostí, po rekonstrukci uzlu to bude 130 kilometrů v hodině. Modernizovány budou také zabezpečovací a vyhřívací systémy u výhybek, v obydlených částech města oddělí koleje od zástavby nové protihlukové stěny.
Modernizovaný železniční uzel Břeclav propojí oba již hotové železniční koridory. První koridor vede z Děčína přes Prahu, Pardubice, Českou Třebovou a Brno do Břeclavi, druhý z Petrovic u Karviné přes Přerov do Břeclavi s odbočkou z Přerova na Olomouc a Českou Třebovou. Oba koridory byly dostavěny v roce 2004 a dohromady stály 73 miliard korun.