Opozice většinou tvrdí, že vedení krajů se problémy v dopravě nezabývají dostatečně, a obávají se možného zvýšení cen jízdného. Kraje ale tvrdí, že tuto situaci nechtějí dopustit. Náměstek středočeského hejtmana Karel Vyšehradský (ODS) řekl, že dostal od Asociace krajů zplnomocnění k jednáním s ministerstvy dopravy a financí. Podle něj bude zapotřebí najít pro všechny regiony dohromady 500 až 600 milionů, s nimiž letošní krajské rozpočty nepočítaly.
Nejvíce se vztahy mezi krajskou samosprávou a dopravcem v minulosti vyhrotily v Ústeckém kraji, kde mělo hejtmanství spory s Dopravním podnikem Ústeckého kraje. Vyvrcholily předloni v srpnu, kdy dopravce na čtyři dny zastavil autobusovou dopravu na více než 2600 spojích. Firma požadovala 315 milionů korun jako náhradu ztrát z předchozího roku, částka se ale kraji zdála příliš vysoká, a proto podniku vypověděl smlouvu a začal hledat dopravce nové. V celé kauze se vede několik soudních sporů, které kraj stály již kolem 30 milionů korun. Autobusovou dopravu zajišťuje nyní v regionu 12 různých firem.
Olomoucký kraj měl zase v minulosti kvůli zpožďování vlaků spor s Českými drahami. Začátkem dubna železničářům uložil za opožděné spoje pokutu 2,6 milionu korun. Původně zvažoval sankci 5,5 milionu.
Požadavky na rozsah veřejné dopravy rostou zejména v okolí Prahy a dalších velkých měst, naopak méně využívané spoje zanikají, což často naráží na ostrý nesouhlas místních obyvatel i opozičních politiků. V Královéhradeckém kraji například vyvolala největší odpor snaha zrušit pravidelné vlakové spojení na málo využívané trati z Kopidlna do Dolního Bousova. Lidé a tamní obce za zachování spojů bojovali zhruba rok, ale přesto o ně koncem loňského roku přišli. Kraj vlaky nahradil levnějšími autobusy. Naopak obcím na Rychnovsku letos vyhověl a několik vlaků mezi Solnicí a Rychnovem nad Kněžnou proti předpokladům nezrušil.
V Pardubickém kraji zajíždějí autobusy do některých obcí jen ve všední dny. S málo početnými spoji se vypořádávají místní různě. Lidem většinou nezbývá než vlastnit jedno či dvě osobní auta. A například Přelouč na Pardubicku plánuje zavedení MHD do místních obcí. Podobně se snaží i podniky v kraji, například společnost Foxconn v Pardubicích sváží již několik let objednanými autobusy zaměstnance z řady měst.
Na Vysočině a v Moravskoslezském kraji v uplynulých letech řada autobusových spojů přibyla. Autobusy začaly na severu Moravy vozit zaměstnance do nově vzniklých průmyslových zón Nošovice a Mošnov, zlepšila se dostupnost mezinárodního letiště v Mošnově. V Karlovarském kraji má naopak větší podporu železniční doprava. Jako první mezi kraji přitom karlovarské hejtmanství narušilo monopol Českých drah, když na provozování regionálních tratí vyhlásilo výběrová řízení.