Na státní podnik si u úřadu stěžoval slovenský konkurent, ČD podle něj zvýhodňovaly některé zákazníky, a tak si je vázaly ke dlouhodobé spolupráci. Podle Slováků je to dominantní firmě na trhu zakázáno. ÚOHS zjistil, že se dráhy dopustily řady prohřešků, a to v letech 2003 až 2007.
Nákladní doprava byla pro České dráhy hlavním zdrojem obživy. Zisky z ní dotovaly ztrátové osobní spoje. Ročně šlo o více než 600 milionů korun. Loni v prosinci vznikla dceřiná firma drah - ČD Cargo, která nákladní dopravu převzala. Pokutu ale dostanou přímo ČD. "Nemůžeme pokutovat firmu, která je nástupcem drah. To by si pak každý hříšník mohl založit nástupnickou společnost, a případné sankci se tak vyhnout," uvedl už dříve předseda antimonopolního úřadu Martin Pecina.