Pecina přišel na Úřad pro ochranu hospodářské soutěže (ÚOHS) v září 2005 z ministerstva průmyslu a obchodu. Tam pracoval jako náměstek a věnoval se především energetice a už tehdy se některé jeho výroky setkaly s nepříznivou odezvou. V roce 2004 se stal Ropákem roku. I jeho jmenování do čela soutěžního úřadu vyvolalo v odborné veřejnosti smíšené reakce. Po třech letech se chce k jeho působení v úřadu vyjadřovat jen málokdo, hodnocení odmítl i premiér Mirek Topolánek a většina ekonomických analytiků. Pozorovatelé, kteří o Pecinovi hovoří, dnes většinou přiznávají, že se ve funkci osvědčil lépe než jeho předchůdce Josef Bednář.
"Prezident Klaus předsedu Úřadu pro ochranu hospodářské soutěže Martina Pecinu za jeho tříleté období ve funkci chválí. Podle pana prezidenta dal jako první tomuto úřadu určitý směr a smysl," komentoval Pecinovu práci mluvčí Hradu Radim Ochvat.
Podobně vnímá nynější situaci na ÚOHS také prezident Agrární komory Jan Veleba, přestože měl za poslední roky s Pecinou několik sporů, třeba kvůli čtrnáctimilionové pokutě pro chovatele drůbeže. "Zvláště po jeho nástupu byl viditelný rozdíl mezi jeho pojetím řízení a zkostnatělým pojetím jeho předchůdce. Pro nás je významné to, že s ním lze komunikovat i neoficiálně a otevřeně se bavit o choulostivých tématech," řekl.
Právě Pecinovy neformální schůzky jsou ale často terčem kritiky a pro některé politiky dokonce důvodem k odvolání. To nedávno navrhla třeba místopředsedkyně zelených Dana Kuchtová. Pecina se s ní dostal do sporu již několikrát, v minulosti hlavně kvůli jaderné energetice.
Posledním důvodem pro ostré vyjádření byla pro Kuchtovou schůzka Peciny s podnikatelem Andrejem Babišem, o níž informovala Česká televize. Babiš v té době úřad žádal o povolení fúze s konkurenční firmou a s Pecinou se sešel v jednom pražském autosalonu.
Podle některých odborníků na etiku je to zcela nepřípustné. Václav Láska z Transparency International přirovnal pozici Peciny k soudci. "Kdyby se soudce scházel s nějakou stranou sporu, nikdo by nepochyboval, že je to špatně," míní. Pecina ale ani s několikaměsíčním odstupem nevidí na schůzce nic špatného. "S podnikateli se scházím stále a budu v tom i pokračovat," řekl tento týden.