NKÚ se zaměřil na projekty z let 2005 až 2007. U sledovaných 101 projektů se během této doby navýšily náklady oproti předpokladům z pěti miliard na šest miliard korun. U 26 akcí se náklady v průměru zvedly téměř o 80 procent. Valné to podle NKÚ nebylo ani s termíny. Včas se dokončilo pouze 68 procent staveb.
Zvyšování bezpečnosti na železnici financuje fond dopravy v rámci programu Zajištění bezpečnosti železničního provozu a cestujících (BŽPC). Jak ale zjistil NKÚ, část peněz obě organizace využily i na jiné stavby než pouze na bezpečnost. České dráhy například daly 277.000 na rekonstrukci provozovny rychlého občerstvení, 150.000 šlo na návrh umístění historické výhybky.
Mnohem závažnější pochybení však NKÚ nalezl u SŽDC. Správa prý použila prostředky určené na bezpečnost na stavbu několika objektů, které poté převedla v rozporu se smluvními podmínkami do majetku třetích osob. Celkem šlo o sedm milionů korun.
Za 150.000 Kč si správa nechala zpracovat studii vlivu stavby na životní prostředí (EIA) u jedné ze stanic, ačkoliv studie již byla zpracována dříve. SŽDC tak zaplatila za stejnou práci dvakrát.
Nepravosti jsou podle kontrolního úřadu důsledkem chybějící analýzy bezpečnostních rizik na železnici. "V letech 2004 až 2007 ministerstvo dopravy ani SŽDC nevypracovaly takovou analýzu rizik BŽPC, která by mohla řádně zdůvodnit opatření k odstranění hlavních negativních vlivů na BŽPC a která by mohla zajistit potřebné zdroje financování na jejich realizaci," píše úřad v závěrečné zprávě.
Program Zajištění bezpečnosti železničního provozu a cestujících byl zahájen v roce 1993 a termín jeho ukončení nebyl stanoven.