SFA představují významnou část majetku státu, kterou spravuje MF a která je vedena odděleně od ostatního státního majetku. Peněžní operace na těchto účtech jsou součástí státního rozpočtu. SFA zahrnují peněžní prostředky, majetkové účasti, cenné papíry a pohledávky.
Kontrola NKÚ konkrétně zjistila, že loni a předloni MF převedlo bez potřebné opory v zákoně na účty SFA peněžní prostředky ve výši více než 4,18 miliardy korun. MF také do SFA začlenilo peněžní prostředky, které tam podle zákona o rozpočtových pravidlech nepatřily, nesprávně ponechalo ve SFA 25,1 milionu korun a v rozporu se zákonem nezahrnulo do operací státního rozpočtu peněžní operace minimálně za 18,661 miliardy Kč.
MF navíc podle NKÚ o majetku vykazovaném ve SFA neúčtovalo, ačkoliv se jednalo o majetek státu, který je podle zákona předmětem účetnictví. "MF vedlo o tomto majetku vlastní pomocnou evidenci, která nebyla upravena právními předpisy ani vnitřními předpisy MF a neměla potřebnou vypovídací schopnost a spolehlivost. Tato skutečnost negativně ovlivňovala sestavování státního závěrečného účtu," uvedl NKÚ.
NKÚ na základe kontroly považuje za nezbytné přehodnotit celou oblast SFA, posoudit efekty shromažďování peněz na účtech SFA vzhledem ke tomu, že při existenci deficitu státního rozpočtu je přírůstek těchto prostředků kryt vydanými státními dluhopisy. Dále úřad navrhuje zajistit úplnou a spolehlivou evidenci SFA a stanovit přesná a závazná pravidla pro správu tohoto majetku.
"Ke zjištění NKÚ lze sdělit, že MF přijímá nebo již přijalo v roce 2008 adekvátní opatření v souladu s doporučením NKÚ. Zjištění se totiž týkají hlavně let 2006 a 2007," uvedl mluvčí ministerstva Jakub Haas.
Do SFA byly na základě zákonů začleněny mimo jiné peníze uložené na zvláštních účtech; v roce 1996 šlo o Zvláštní účet důchodového pojištění a v roce 1997 o Jaderný účet. Letos byl novelou zákona o rozpočtových pravidlech zaveden místo Zvláštního účtu důchodového pojištění zvláštní účet Rezerva pro důchodovou reformu.
Prostřednictvím specifické kapitoly státního rozpočtu se příjmy a výdaje na účtech SFA stávají zároveň příjmy a výdaji státního rozpočtu, jehož objem a plnění běžně ovlivňují.