Od účinnosti, která se předpokládá od července 2009, bude v ČR od spotřební daně osvobozena ta část biopaliva, která není fosilním palivem. Mezi fosilní paliva patří například benzin a motorová nafta. Pokud tedy bude v biopalivu například 15 procent fosilního paliva a 85 procent bioložky, spotřební daň se bude platit jen z "fosilních" 15 procent. Biopaliva budou daňově zvýhodněna po dobu šesti let od schválení programu Evropskou komisí.
V roce 2010 chce mít EU podíl biopaliv na spotřebě pohonných hmot 5,75 procenta podle energetického obsahu. Již nyní je zřejmé, že pouze přimícháváním biosložky do fosilních paliv nelze cíle dosáhnout. Právě podpora vysokoprocentních a čistých biopaliv má pomoci k naplnění tohoto cíle.
Někteří odborníci ale tvrdí, že biopaliva nemají pro ekologii výrazný přínos, neboť vypouštěné emise jsou jen nepatrně nižší než u konvenčních fosilních pohonných hmot. Údajně také zvyšují ceny potravin. Experti si proto více slibují od druhé generace biopaliv z nepotravinových plodin, například biologického odpadu, některých travin a rychle rostoucích dřevin.