Ministerstvo původně vyměřilo Slovnaftu v únoru 2005 pokutu 1,35 miliardy Sk. Po odvolání společnosti však pokutu mírně snížilo na 1,34 miliardy. Slovnaft pokutu zaplatil, ale napadl ji u soudu. Krajský soud jeho návrh odmítl, Nejvyšší soud však pokutu v odvolacím řízení snížil na 838,07 milionu Sk. Protože ministerstvo s opravným prostředkem proti tomuto verdiktu neuspělo, musí rafinerii vrátit 503,51 milionu Sk. "Tímto byly vyčerpány všechny opravné prostředky ze strany ministerstva financí," upozornil Šmál.
Slovnaft podle ministerstva porušil zákon o cenách. V uplynulých letech údajně neoprávněně započítával některé položky do nákladů a prodával pohonné hmoty za ceny, které mu přinášely nepřiměřený zisk.
Firma loni dostala pokutu 300 milionů Sk od antimonopolního úřadu, podle kterého zneužívala své postavení na trhu a diskriminačně stanovovala slevy či přirážky k cenám při prodeji pohonných hmot velkoodběratelům.