Evropská komise podle Čunka uzavírá s kontrolními orgány členských zemí takzvané smlouvy o důvěře, na základě kterých prý svěřuje veškerou auditní činnost do rukou národních institucí. "Bohužel, české ministerstvo financí nebylo takto důvěryhodným shledáno, což povede ke zdvojení auditních mechanismů čerpání evropských dotací," uvedl Čunek.
"Ministerstvo financí se musí ohradit proti tomuto nepravdivému tvrzení. Naopak, MF předložilo v rámci zpracování auditních strategií Evropské komisi mimo jiné 'Prohlášení o způsobilosti a funkční nezávislosti Auditního orgánu', které nebylo EK zpochybněno," řekl ČTK mluvčí MF Ondřej Jakob. "Dále máme informace o tom, že v EK jsou již postupně připravovány dopisy ke schvalování našich auditních strategií," dodal.
Problémem je podle Jakoba naopak "nezvládnutá problematika monitorovacího systému", který sleduje čerpání dotací z Bruselu. Upozornila na to prý samotná Evropská komise.
Podle Čunka se výhrada k monitorovacímu systému objevila v dopisu, který úředník komise v prosinci adresoval MF a Úřadu regionální rady regionu soudržnosti Střední Morava. Kritiku však Čunek odmítl. "Není v pravomoci úředníků Evropské komise se takto vyjadřovat k vnitřním procesům implementace strukturálních fondů v ČR," poznamenal.
Ministerstvo pro místní rozvoj (MMR) nyní připravuje tendr na nový monitorovací systém. Současný systém byl totiž v roce 2001 podle Úřadu pro ochranu hospodářské soutěže pořízen v rozporu s tehdy platným zákonem o zadávání veřejných zakázek. To MMR uzavřelo cestu k financování systému právě z evropských dotací.